งานตรวจบัญชีสหกรณ์ของประเทศไทยเกิดขึ้นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2495 ซึ่งอยู่ในความรับผิดชอบของแผนกสหกรณ์กรมพาณิชย์และสถิติพยากรณ์ กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ จากนั้นมีการยกฐานะและเปลี่ยนแปลงสังกัดของหน่วยงานเรื่อยมา จนกระทั่งเมื่อวันที่ 12 มีนาคม 2495 จึงยกฐานะขึ้นเป็น กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ สังกัดกระทรวงการสหกรณ์ และปัจจุบันสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ แต่เดิมนั้นข้าราชการของกรมตรวจบัญชีสหกรณ์จะรวมกันอยู่ในกรุงเทพมหานครเพียงแห่งเดียว และปฏิบัติงาน โดยการเดินทางไปตรวจสอบบัญชีในจังหวัดต่าง ๆ จนกระทั่งปี พ.ศ. 2524 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ ได้เริ่มกระจายงานตรวจบัญชีไปสู่ส่วนภูมิภาค โดยจัดตั้งสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจำจังหวัดขึ้นตามข้อตกลงในโครงการสินเชื่อเพื่อการเกษตร เพื่อให้ความช่วยเหลือแนะนำด้านการเงินการบัญชีแก่สถาบันเกษตรกรได้อย่างใกล้ชิด และมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น

  สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์สระแก้ว ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2537 โดยระยะแรกได้เช่าอาคารสำนักงานเลขที่ 291 ตำบลสระแก้ว อำเภอเมือง จังหวัดสระแก้ว อยู่ในการกำกับดูแลของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ภูมิภาคที่ 2 (ลพบุรี ) ปัจจุบันได้ย้ายมาอยู่ที่อาคารศาลากลางจังหวัดสระแก้ว ชั้น 3 (ฝั่งตะวันออก) ตำบลท่าเกษม อำเภอเมืองสระแก้ว จังหวัดสระแก้ว อยู่ในการกำกับดูแลของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ที่ 2 (ชลบุรี)ตามโครงสร้างใหม่ของกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2543 เป็นต้นมา